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怎么把go和kEgg作图

一直都搞不清楚这两者的具体区别,只知道是将基因富集到代谢上.前者是功能注释,即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms,没有阀值的. 后者是功能富集,即基因集(多个基因)可能显著的集中在哪些功能上面 例如选择P

首先打开KEGG搜索界面,如下图. Search against输入"hsa",PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”,在“Enter objects one per line followed by bgcolor, fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”. 在“Examples”下方选择“人”的通路.

用blast2go

你不可能把所有差异基因都验证的,只需要验证几条基因,把你从这些基因差异中得到的结论说清楚,你就已经是大师了.建议你先把GO和KEGG的聚类分析好好研究一下,看看里面跟你感兴趣的研究方向有关的基因是不是有差异,特别是KEGG,是个强大的数据库,从它的图上能得到很多信息.这个转录组的研究必须结合自己的研究方向,不可能全部的信息的都用上的,要能找到一个深入的研究.

如何注释某个基因的GO,KEGG功能 基因注释主要基于蛋白序列比对. 将基因的序列与各数据库进行比对, 得到对应的功能 注释信息.

1 如果肯下功夫,可以通过R语言获得基因本体论以及通路富集数据并将其可视化,所用的R包可以是GOSim(GO分析),或者clusterprofiler(GOKEGG)2 cytoscape 的插件cluego可以傻瓜式实现通路的图片展示,可以用来直接发文章(低分的至少可以)3 关于GO和KEGG数据的获得,上DAVID就好

1.打开KEGG数据库首页,链接如下:http://www.genome.jp/kegg/,如下所示:点击“KEGG PATHWAY”字样链接,可见如下界面:一直往下看,会发现KEGG数据针对pathway做了分类,主要包含Metabolism、Genetic Information Processing

如果您知道自己关注通路的ID,可以直接在第一步的基础上直接搜索,也可以获得特定物种的通路信息,例如上面的human的Pentosephosphate pathway,ID为hsa00030,我们就可以直接用这个ID进行搜索,具体操作为在步骤1的第二幅图中填入ID号,选择物种has,点击Go即可!

芯片分析中的go分析解读 :基因本体(gene ontology),简称GO,是一种描述基7a686964616fe58685e5aeb931333361303065因或基因产物基本特性的词汇,由基因本体协会开发.GO数据库在建立注释基因和蛋白质知识的标准词汇体系,

这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的,肿瘤本身具有远端转移特性,从各个组织中都有可能存在.所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关,就需要点进去查看相关文献,把各种蛋白摸透,才能够搞定,如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了,世界早就和平了~多看看文献吧,加油.

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